É a primavera do primeiro ano universitário e Kanji Sasahara enfrenta um dilema difícil: deve assumir sua paixão por mangá e anime entrando para um clube de otakus, como sempre desejou? Estará preparado para lidar com o estigma social que acompanha esse rótulo? Enquanto isso, Saki Kasukabe vive seu próprio impasse: como transformar seu namorado, o fanático por anime Makoto Kousaka, em um “cara normal”?
Quando Kanji e Makoto ingressam no Genshiken — Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna, Saki passa a acompanhá-lo pelas atividades do clube: cosplay, convenções de quadrinhos, videogames e figuras de anime. Mas logo ela descobre que o mundo otaku é bem mais do que imaginava… embora nem sempre de uma forma positiva.