Ở một thế giới song song với thế giới của Fate/stay night, chén thánh ở Fuyuki đã bị lấy trộm trong Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ 3. Vào thời điểm đáng lẽ sẽ xảy ra cuộc chiến chén thánh thứ 5, một gia tộc mang tên Yggdmilennia đã công khai việc đánh cắp Chén Thánh, đồng thời tách rời khỏi Hiệp Hội Pháp Sư và triệu hồi 7 Servant "Đen" về 1 phe phục vụ cho họ. Để đoạt lại Chén Thánh, Hiệp Hội đã hợp tác với Giáo Hội triệu hồi 7 Servant khác, tạo thành phe "Đỏ", phát động trận đại chiến giữa hai phe Yggdmillenia và Hiệp Hội Pháp Sư