Sono trascorsi diversi anni dalle vicende dell'Advent Children e del Dirge of Cerberus, Denzel è cresiuto ed è entrato a tutti gli effetti nella WRO (World Regenesis Organization, un organizzazione di volontari votati a salvaguardare e ripristinare il pianeta).
Durante una missione trovano i resti di un mostro dilaniato da un misterioso avversario e Denzel capisce che è opera di Cloud, scomparso da anni, e non aspetta un minuto di più per rintracciarlo.