A agente cibernética Major Motoko é a líder da unidade de serviço secreto Esquadrão Shell, combatente do crime. Motoko foi tão modificada que quase todo seu corpo já é robótico. O governo informa ao grupo de que o famoso hacker conhecido "Mestre das Marionetes", especialista em invadir e controlar o ciber-cérebro das pessoas, está no Japão. Agora, Motoko e sua equipe terão que caçar esse criminoso, e vão acabar se envolvendo em uma trama de conspirações que atinge interesses da alta cúpula política.